Eixoecologia estrutúrase en:
Comité de Expertos
A función do Comité de Expertos é a de establecer os criterios científicos aplicables ás diferentes áreas de traballo así como o mantemento en Eixoecologia do coñecemento, sobre as diferentes materias tratadas, de acordo coas últimas achegas científicas.
Director
A función do Director Xerente é a de representar a Eixoecologia na súa actividade normal, así como organizar o seu funcionamento, xestión e administración.
Persoal técnico e administrativo
A función dos técnicos é a de desenvolver os traballos que lle son encargados á fundación, seguindo as instrucións do director e de acordo cos criterios científicos, que coa axuda dos expertos, establecéronse.
A actividade distribúese en dúas oficinas aos dous lados da fronteira, en Santiago de Compostela e a sede en Vila Real. Esta última como unha aposta do Eixo Atlántico do Noroeste Peninsular polos territorios de interior da Eurorrexión e dada a activa participación do municipio na Comisión Delegada de desenvolvemento sostible e a da UTAD a través dos seus expertos.