Eixoecologia nace no verán de 2009 a partir da Comisión de Desenvolvemento sostible do Eixo Atlántico como unha entidade de soporte á planificación estratéxica municipal en materia de medio ambiente, nos municipios da organización e ás cidades asociadas a estes. Nos meses seguintes, a Consellería de Medio Ambiente Territorio e Infrestruturas da Xunta de Galicia, asína un convenio co Eixo Atlántico que permite a colaboración entre ambas as institucións e unha ampliación do campo de actuación de Eixoecologia, ao participar xunto coa primeira, no proxecto financiado por fondos FEDER, Desourb. Este proxecto, de Desenvolvemento Sustentable Urbano, ten por obxectivo coordinar a ordenación sustentable do territorio na Eurorrexión mediante a definición dun modelo innovador de planificación e xestión territorial na Eurorrexión, baseado no desenvolvemento sustentable, a monitorización das actuacións levadas a cabo no territorio e a xeración e difusión do coñecemento.